Oltář novomučedníků českých byl zřízen na místě, kde se již dříve nacházela ikona svatého mučedníka Gorazda, a vedle ní byly ve vitrínách uloženy jeho relikvie – liturgická roucha, mitra a žezlo.
Poté, co naše církev potvrdila rozhodnutí Srbské pravoslavné církve o kanonizaci dalších novomučedníků z doby působení vladyky Gorazda, bylo rozhodnuto vybudovat nový oltář věnovaný těmto svědkům víry, kteří sloužili v našem chrámu.
S požehnáním Jeho Vysokopřeosvícenosti arcibiskupa pražského a českých zemí Michala bylo napsáno pět nových ikon novomučedníků – svatého vladyky Gorazda, otce Václava Čikla, otce Vladimíra Petřka, předsedy sboru starších Jana Sonnevenda a kostelníka Václava Loudy.
Ikony doplňují vyobrazení míst, která jsou spojena s jejich životem, službou a mučednickou smrtí: katedrální chrám, koncentrační tábor Mauthausen, kde byli mučeni, a střelnice v Kobylisích, kde byli popraveni.
Součástí oltáře je rovněž ikona svatých novomučedníků českých a ikona se svatými ostatky svatého vyznavače Dositeje, metropolity záhřebského, spoluobnovitele pravoslaví v českých zemích po boku vladyky Gorazda.
